生物芯片的制备主要依靠微细加工、自动化和化学合成技术。根据不同的应用需求，可以利用微加工技术在芯片的基材上加工出各种微结构，然后施加必要的生化物质，进行表面处理。更简单的芯片制备，如DNA芯片制备，是通过自动或化学合成的方法，直接在基底上涂敷或合成所需的生化物质，不需要对基底材料进行任何微加工。

一般来说，有四种典型的DNA芯片制备方法。第一种方法是Affymetrix公司开发的光导原位合成法。这种方法是微加工技术中光刻和光化学合成相结合的产物。第二种方法是Incyte制药公司采用的化学喷雾法。方法是将合成的寡核苷酸探针定点喷洒在芯片上，固定化，制成DNA芯片。第三种方法是斯坦福大学开发的接触点涂法。在DNA芯片的制备中，通过高速精密机械手的精确移动使移液头与玻璃芯片接触，并将DNA探针涂覆在芯片上。第四种方法是利用四个分别含有核苷A、T、G、C的压电喷嘴，在芯片上并行合成DNA探针。无论什么方法，目的都是为了快速准确地将探针放置在芯片上的指定位置。